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Les dépendances ne sont qu'une partie du problème.
Une fois que t'as ton système de base avec son lot de bibliothèques nécessaires, soit chaque distribution package et maintient les milliers d'applications existantes (et toutes les distributions n'ayant pas la même communauté, nombre de bénévoles, ressources pour le faire…elles seront loin de pouvoir proposer le même nombre d'applications) soit on créé un unique Flatpak utilisable par tout le monde.
Tu noteras que même au niveau des dépendances, tout le monde ne peut pas fournir la même chose.
Une Debian stable ou une Ubuntu LTS qui ne sortent une nouvelle version qu'une fois tous les deux ans ne pourront pas proposer les toutes dernières versions des différentes bibliothèques.
Une application nouvellement créée ou mise à jour qui utilise les dernières technos ne pourra pas être packagée sur ces vieilles distributions.
Tandis que le Flatpak pourra tourner sans souci.